A jelenlegi vízhálózat a pliocén végén és a pleisztocén elején alakult ki, amikor a Börzsöny tönkje darabokra törve különböző magasságokba került. A területén lehulló csapadéknak átlagosan legfeljebb az ötöde folyik le. Az erdő mintegy 400-500 mm csapadékot párologtat el, vagyis a csapadék kb. 60%-át felemészti.
300 méter felett a Börzsöny 80%-a erdő. A lefolyó víznek csak igen kis hányada származik a forrásokból. A lefolyás legnagyobb része hóolvadásból, vagy hirtelen záporok csapadékából származik.
A hegység számbavett 417 forrása csekély vízhozamú, de szinte érintetlen. Szennyező anyagokkal csak a légkör, az erdőgazdálkodás és a turizmus terheli.
A főgerinc (Csóványos, Nagy-Hideg-hegy, Nagy-Inóc) környékén, 600 méteren több mint 40 forrás fakad. A csóványos közelében 800 méter tszf. magasság fölött 3 olyan forrás található, amely még nem apadt ki.
Az összes számbavett forrásból 50 jól foglalt, 40-nek kezdetleges foglalása van. Nem éri el a tizet azoknak a forrásoknak a száma, amelyek a vezetékes vízellátás alapjául szolgálnak.
Részletesebb vizsgálódás esetén az erdei iskolából indulva több forrás is elérhető. A Nagy-völgyben a Betyár-forrást, a Vályus-kutat, és az Oszlopó-forrást találjuk.