A Magas-Börzsöny a magyar flóratartomány (Pannonicum) középhegységi flóravidéke (Matricum) északkeleti szárnyához, mint alflóravidékhez tartozik és a nógrádi flórajárás (Nogradense) egy része. A Bel-Börzsöny a középhegységi flóravidék délnyugati szárnyához kapcsolódó visegrádi flórajáráshoz tartozik. Eszerint a Börzsöny déli része növényföldrajzilag már inkább a Pilishez tartozik. Növényzete zömében a középhegység északkeleti és délnyugati elemeiből áll.
E növényföldrajzi kettősséget mutatja, hogy a vidék sok mediterrán, szubmediterrán, atlantimediterrán és közép-európai flóraelem északi elterjedési határa, valamint a pontusi, a pontusmediterráni, dácikus, a balkáni flóraelemek nyugati elterjedési határa. A Magas-Börzsöny montánabb (hegyi) jellegét domborítják a magas hegyvidéki dealpin, és alhavasi és kárpáti fajok, melyek a Déli-Börzsönyben és a Duna jobb partján nem találhatók meg.
A növénytakaró kialakulását erősen irányítja a domborzat és a kőzetminőség. Egyes növényfajok elterjedése a kőzetminőséghez, vagy esetleg a lejtőviszonyokhoz is kötött. A domborzati tényezők a hegyvidéki éghajlat kialakulásához vezetnek. Ehhez a hegyvidéki vízháztartás (több csapadék, kevesebb párolgás), alacsonyabb hőmérséklet és a hegyvidéki típusú talajképződés járul. Ezek a feltételek az erdők kialakulásának kedveznek.
A hegység természetes növénytakarójaként szereplő erdő összetétele és minősége a különböző magasságú és felszínű területeken változó. Így a Dél-Börzsönyt, főleg a Hegyestető csoportját a meleget jobban kedvelő fafajokból álló erdők borítják: molyhos tölgy (Quercus pubescens) a virágos kőrissel (Fraxinus orus). Megtalálható a kocsánytalan tölgy (Quercus petraea) és a csertölgy (Quercus cerris) növénytársulása is a lankásabb lejtőre települt erdőrészekben. A kevésbé napsütötte völgyekben a gyertyán (Carpinus betulus) növénytársulása él. A Dél-Börzsönyben Kemence és Perőcsény térségében jellegzetesek a sarjmeggyes és andezit karsztbokor erdők. A Dunára hajló meredek lejtőkön a karsztbokorerdők egyfelől sziklagyepekkel váltakoznak, másfelől a mészkerülő fajok a mész- és dolomitlakó fajokkal keverednek. A Dél-Börzsöny 300 m-nél alacsonyabb szintjein az erdő nagyon megcsappant. Ha voltak is erdők, csaknem mindenütt kiirtották, s helyüket kultúrterület foglalta el.
A központi- és Északi-Börzsönyben az erősebb tagoltság és főleg az északi lejtősödés miatt az erdők képe már más, mint a Déli-Börzsönyben. Az erdők zártabbak, irtás és kultúrterület alig akad. Az erdőt olyan fafajok alkotják, melyeknek kisebb a hő- és fényigényük, és több nedvességet igényelnek. A déli lejtőkön elmarad a molyhostölgy, szerepét a csertölgy- és kocsánytalan tölgy veszi át.
A módosuló feltételeknek megfelelően más a déli és más az északi lejtők növényzete és elég nagyok a különbségek az alacsonyabb és a magasabb fekvésű hegységrészek növényzete között is. A déli lejtőkön kb. 450-500 m, az északikon 250 m fölött bükkösök lépnek fel zárt tömegben. A bükkösök fölött a szárazságot jobban tűrő magas kőris a hárssal és a hegyi juharral keveredve alkot szép állományokat. Az erős napsütés és a száraz szelek miatt fenyőöv nincs.
A zárt erdők aljnövényzete szegényes. Az erdők szélén és az azokat átszelő utak szegélyén rendkívül sok és változatos lágyszárú növényeket találunk.
Ellentmondásosnak látszik, hogy az erdők aljnövényzete milyen gyér és ugyanakkor az erdőket átszelő utak mentén milyen nagyszámú lágyszárú növény találja meg életfeltételét. Ennek magyarázatát a fény- és hőviszonyokban kell keresni. Az erdőben a koronaszint zártsága miatt a talajra kevés fény jut. Ez gátolja a nagy fajgazdagság kialakulását. Az utak mentén kedvezőbbek a fényviszonyok, a hőmérséklet is magasabb. Ez a magyarázata annak, hogy azonos viszonyok mellett az erdőben kevesebb lágyszárú növény él.
A Börzsönyben hegyi rét ritkán forul elő és ezek is kis kiterjedésűek. Hegyi réteket a patakok mentén találhatunk.
A sziklás területeken és a hegycsúcsokon a sziklakopártól a zonális növénytársulásig a töredék asszociációk számtalan változata fordul elő. A kontinentális jellegű asszociációk hol átmenettel, hol átmenet nélkül érintkeznek a montán és szubmontán bükkösökkel, alacsonyabb régiókban a tölgyesekkel.